В настоящее время промышленное освоение севера Средней Сибири носит очаговый характер, но разведка полезных ископаемых проводится на всей этой территории, а в будущем планируется и разработка многих месторождений. Необходим поиск оптимальных путей охраны природы этого региона. Одним из основных путей решения проблемы является создание резерватов с разными режимами охраны. На севере Средней Сибири в настоящее время из таких территорий существует только один заповедник — «Таймырский» (площадь 1,3 млн. га), расположенный в тундровой зоне.
Вопрос о необходимости создания охраняемых территорий в горах Путорана ставился неоднократно. Так, в «Схеме размещения сети заповедников на территории страны», опубликованной К. Д. Зыковым и Ю. Д. Нухимовской, создание Путоранского заповедника предусматривалось на перспективу для охраны местной популяции снежного барана. Е. Е. Сыроечковский еще ранее предлагал создать для гор Путорана крупный филиал Таймырского заповедника в южной части Таймырского и северной части Эвенкийского автономных округов.
Основная задача этой охраняемой территории, которая должна получить статус заказчика, будет заключаться в охране своеобразного северного горно-таежного ландшафта, животных, занесенных в Красную книгу (снежный баран, кречет, орлан-белохвост и другие), дикого северного оленя и ряда других видов, имеющих здесь северный предел распространения.
Горы Путорана занимают центральную часть этого обширного региона и обладают рядом уникальных черт. В историческом прошлом они не подвергались оледенению или его воздействие было незначительным. В верховьях реки Котуй абсолютная высота плоскогорья достигает 1701 м. Путоранские озера — крупнейшие после Байкала резерваты пресной воды. Климат региона холодный. Безморозный период практически отсутствует из-за частых почвенных заморозков даже в разгар лета. Число солнечных дней в Путоранах значительно выше, чем в смежных районах, Прозрачность воздуха в два раза выше по сравнению с остальными районами Западной Сибири.
По геоботаническому районированию основная часть территории будущего заказника относится к субарктическому округу, а южная часть — к северотаежному восточному, лесообразующими породами являются лиственницы сибирская и даурская. Западная часть Путорана испытывает влияние западно-сибирской флоры.
Интересен район и в зоогеографическом отношении. По совокупности природно-географических условий и составу фауны этот район в зоогеографическом отношении можно выделить в самостоятельную провинцию.
Географическое местоположение, особенности рельефа, пути естественно-исторического становления и развития биоценозов определили сравнительное разнообразие фауны. В целом комплекс обитающих здесь млекопитающих и птиц можно охарактеризовать как таежно-тундровый с включением нескольких видов, связанных с горным рельефом.
В озерах и реках Центральных Путорак обитает около 20 видов рыб. Наиболее многочисленны хариус, валек, голец, встречаются чир, сиг, ряпушка.
Для территории планируемого заказника известно 114 видов птиц, относящихся к 10 отрядам. Достоверно установлено гнездование 67 видов. К числу зимующих относится 15 видов, многие птицы отмечены на пролете, несколько видов залетные. Фауна птиц представлена как типичными арктическими видами (тундряная куропатка, бурокрылая ржанка, хрустан, рогатый жаворонок), так и чисто таежными (каменный глухарь, кукушка, свиристель, белокрылый клест, юрок, щур, трехпалый дятел). Наиболее многочисленны в сравнении с более южными и северными районами орлан-белохвост, кречет, тетеревятник, сибирский пепельный улит, горная трясогузка, овсянка-крошка, юрок, кукушка, ворон и некоторые другие. Для Центрального Путорана характерна низкая численность водоплавающих птиц. Из речных уток наиболее многочисленны: шилохвость, свиязь, чирок-свистунок. Численность гусей, пролетающих над центральной частью плато, оценивается для гуменников в 10—15 тыс. особей, а белолобого гуся — в 8—10 раз меньше. Из 22 видов водоплавающих факт гнездования установлен для 11. Гуменник гнездится отдельными парами в долинах крупных озер. Чаще на гнездовье встречаются чирок-свистунок, шилохвость, свиязь, средний и большой крохали.
Из птиц, занесенных в Красную книгу, на территории проектируемого заказника гнездятся орлан-белохвост и кречет. В долинах озер и рек пары орлана-белохвоста встречаются через 25—30 км. Центральные Путораны являются основным районом гнездования кречета на севере Средней Сибири. В целом для района плотность гнездящихся птиц составляет 0,7 пары на 100 км. Из других видов редких птиц отмечены на пролете сапсан, лебеди-кликуны и тундряной.
Фауна млекопитающих насчитывает около 20 видов: насекомоядные — 2(крошечная и малая бурозубки), грызуны — 7 (северосибирская, темная и красная полевки, копытный и сибирский лемминги, обыкновенная белка и летяга), зайцеобразные — 2 (заяц-беляк и северная пищуха), хищные — 9 (волк, лисица, песец, росомаха, соболь, горностай, ласка, рысь, бурый медведь), копытные — 3 (дикий северный олень, лось, снежный баран).
К постоянно обитающим на плато относятся бурозубки, полевки и лемминги, волк, горностай, росомаха, соболь, ласка, рысь, заяц-беляк, белка, летяга, северная пищуха, лось, снежный баран.
Очень характерна для плато группа видов-мигрантов, достигающая в определенные сезоны огромной численности, к ним относятся дикий северный олень и песец, а также мигрирующие волки и росомаха. Центральным звеном группы мигрантов является дикий северный олень Таймырской популяции. Через центральную часть плато ежегодно весной и осенью проходит свыше 200 тыс. оленей. Пребывание столь значительной массы животных от пяти до восьми месяцев в году выступает как мощный биогенный фактор. Им обусловливаются многие очень сложные и разнообразные экологические связи как на уровне видов, так и на уровне биоценозов. Наличие диких северных оленей создает благоприятные условия для обитания волка, бурого медведя, росомахи, песца, ворона, а в весенний период — чаек, канюка, орлана-белохвоста. Численность таких хищных зверей, как волк, росомаха, бурый медведь, благодаря наличию хорошей кормовой базы значительна. В некоторые годы велика численность в горах Путорана песца. Его массовые миграции из тундровой зоны наблюдаются раз в два-три года. В летний период отмечаются лишь единичные особи этих зверей.
Из млекопитающих в Красную книгу занесен путоранский снежный баран, выделенный в отдельный подвид. Проведенный учёт позволил установить общую численность толсторогов в горах Путорана. Она определена на тот период в 1400—1450 особей.
На территории проектируемого заказника наиболее высокая плотность его населения отмечена по склонам гор в долинах рек Дулук, Холокит, Капчуг, верховьев Аяна.
Государственный республиканский заказник «Путоранский» спроектирован на площади 330 тыс. га. Решением Красноярского крайисполкома установлены следующие границы заказника: северная — по реке Аян от устья реки Колтамы до устья реки Холокит; восточная — от устья реки Холокит по водоразделу рек Холокит — Дакит через гору Холокит до верховья реки Капчуг; южная — по южному берегу восточного залива озера Аян и по реке Капчуг до его верховьев; западная — по восточному берегу озера Аян и реке Аян от ее истока до устья реки Колтамы.
Организация республиканского заказника будет способствовать более быстрому восстановлению численности снежного барана, сохранению гнездовий кречета и орлана-белохвоста, созданию зоны покоя для дикого северного оленя, что крайне важно, особенно в период их осенних миграций (время гона), действенной охране других видов животных на пределе их распространения.